Khoa Dược được thành lập từ năm 1965 cùng với sự ra đời của Bệnh viện Đa khoa tỉnh Phú Thọ. Hiện nay, khoa có 60 cán bộ, viên chức trong đó:

• Tiến sĩ dược: 01
• Dược sĩ CK1: 8
• Dược sĩ đại học: 42
• Dược sĩ cao đẳng: 08
• Dược sĩ trung học 01

Khoa Dược có chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà thuốc Bệnh viện, đảm bảo cung ứng thuốc đầy đủ cho người bệnh điều trị nội trú, ngoại trú, kiểm tra, theo dõi việc sử dụng thuốc an toàn, hợp lý trong toàn Bệnh viện, kiểm tra chất lượng thuốc, nhắc nhở đôn đốc thực hiện quy chế chuyên môn, cấp phát thuốc điều trị đến tận tay người bệnh

Khoa cũng đã xây dựng và trang bị hệ thống kho bảo quản thuốc đạt tiêu chuẩn GSP.