Năm 2018, Bộ Y tế đặt mục tiêu cho kế hoạch ứng dụng CNTT như sau:
1. Về ứng dụng công nghệ thông tin (CNTT) trong nội bộ cơ quan Bộ Y tế- Nâng cấp Hệ thống quản lý văn bản điện tử và điều hành, Hệ thống thư điện tử, Cổng thông tin điện tử của Bộ Y tế, trang/cổng thông tin của các đơn vị thuộc và trực thuộc Bộ Y tế  hoạt động ổn định, hiệu quả, an ninh bảo mật trên môi trường điện tử.

– Có 50% đơn vị thuộc/trực thuộc Bộ xây dựng hệ thống thông tin tích hợp phục vụ công tác quản lý, điều hành và chuyên môn chủ yếu của đơn vị.

– Có 80% đơn vị thuộc và trực thuộc Bộ triển khai hồ sơ cán bộ công chức, viên chức trên môi trường mạng.

2. Về ưng dụng công nghệ thông tin phục vụ người dân và doanh nghiệp

– Đảm bảo 20% thủ tục hành chính của Bộ Y tế được trực tuyến hoá mức độ 3 trở lên, trong đó có ít nhất 15% đạt mức độ 4;

– Kết nối Hải quan một cửa quốc gia theo đúng kế hoạch của Chính phủ.

– Có 85% bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế có hệ thống xếp hàng điện tử.

3. Về xây dựng, hoàn thiện các Hệ thống thông tin, CSDL chuyên ngành

– Có 100% bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế có hệ thống thông tin quản lý bệnh viện (HIS), trong đó có 95% bệnh viện tích hợp hệ thống quản lý xét nghiệm (LIS) với hệ thống HIS.

– Có 50% bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế tích hợp hệ thống thông tin lưu trữ và truyền hình ảnh y học (RIS-PACS).

– Có 20% bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế triển khai Bệnh án điện tử.

– Hoàn thành triển khai phần mềm quản lý hoạt động Trạm y tế xã tại 26 xã mô hình điểm của Bộ Y tế.

– Hoàn thành phần mềm Hồ sơ sức khỏe điện tử.

– Triển khai phần mềm hệ thống thông tin thống kê y tế điện tử tại 8 tỉnh/thành phố.

4. Về phát triển nguồn nhân lực

– 100% các đơn vị thuộc và trực thuộc Bộ Y tế có cán bộ chuyên trách CNTT được tham gia đào tạo, bồi dưỡng, cập nhật về kiến thức CNTT.

– 100% các đơn vị thuộc và trực thuộc Bộ Y tế có cán bộ chuyên trách CNTT được tham gia đào tạo, bồi dưỡng, cập nhật về an toàn thông tin.

5. Về phát triển hạ tầng kỹ thuật

– Hoàn thành xây dựng trục tích hợp dữ liệu Bộ Y tế.

– Triển khai nâng cấp Trung tâm tích hợp dữ liệu Bộ Y tế theo kế hoạch của dự án đã được phê duyệt.